O Curso de Oceanologia é do tipo matrícula por disciplinas, sendo constituído por disciplinas semestrais e anuais , funcionando em período integral. O primeiro ano e parte do segundo são destinados às disciplinas de formação básica.
A partir do segundo ano as disciplinas de formação geral dão uma visão mais especifica de cada área da oceanografia. Já o quarto ano compreende as disciplinas profissionalizantes, que buscam ensinar técnicas e metodologias especificas de cada área da oceanografia. Essas disciplinas possuem caráter eletivo, permitindo que o aluno escolha aquelas áreas que mais lhe interessam dentro de uma quantidade mínima de créditos.
A formação optativa do Curso é flexível, o que permite ao estudante complementar esta etapa com disciplinas de outros cursos da própria FURG, ou mesmo em outras universidades nacionais ou estrangeiras, tornando sua formação mais adequada à sua opção profissional.