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Lançada em 26 de novembro de 2004 pelo Governador Geraldo Alckmin, o Secretário de Ciência, Tecnologia, Desenvolvimento Econômico e Turismo, João Carlos Meirelles, e a Diretora-Superintendente do Centro Estadual de Educação Tecnológica Paula Souza - CEETEPS, Laura Laganá, autarquia responsável pela administração das FATECs e ETECs do Estado de São Paulo. O terreno de 5.240,15 m2, no Jardim São Luís, em Santo Amaro. No projeto inicial previa-se a construção de dois prédios com passarelas de interligação que comportarão 16 salas de aulas, quatro laboratórios de informática, auditório para 165 pessoas, entre outras dependências. Em 2 de março de 2006, o governador Geraldo Alckmin, o Secretário João Carlos de Souza Meirelles e a Diretora-Superintendente do Centro Estadual de Educação Tecnológica Paula Souza - CEETEPS, Laura Laganá, inauguraram o Campus da Zona Sul. Neste campus são instalados a nova Faculdade de Tecnologia (FATEC) e a nova Escola Técnica (ETEC) Zona Sul, no bairro São Luis, capital paulista. A inauguração aconteceu após Alckmin assinar os decretos de criação da FATEC Zona Sul e ETEC Zona Sul. Com isto, a FATEC-ZS para ser a 26ª Faculdade de Tecnologia. A Fatec Zona Sul, inspirada pelos excelentes resultados obtidos com a instalação da Fatec Zona Leste, ambas construídas em regiões carentes de ensino público e de qualidade.
Por ser um curso novo ainda estão se adequando em alguns aspectos.
Graduação em Tecnologia em Gestão Empresarial